| "Clé" | valeur | type | obligatoire | Exemple |
|---|---|---|---|---|
"equipe" |
Identifiant de l’équipe (le même que celui utilisé dans le fichier equipes.json) |
String |
oui |
"001" |
"gleaves_display" |
Affiche/masque le dossier pour les utilisateurs |
Boolean |
oui |
true |
"date_vcf_uploaded" |
date d’upload du fichier |
timestamp |
oui |
1596622550227 |
"vcf" |
path ou url s3 vers le vcf |
String |
oui |
"/test_dossiers/dossier_6A61/A00666_0012_WGS_MR_FS00505001_21042022_final.vcf" |
"preindication" |
(voir block preindication) |
- |
oui |
- |
"cnv" |
réservé |
- |
oui |
null |
"pid" |
numéro unique du dossier |
Integer |
oui |
123 |
"pid_crc" |
identifiant du dossier |
String |
oui |
"azerty" |
"bam" |
dictionnaire sample_id → dictionnaire(chrom→bai,bam) |
- |
oui |
"FS00505001": { "1": { "bai": "/test_dossiers/dossier_6A61/bams/FS00505001_S6_chr_1_markdup.cram.bai", "bam": "/test_dossiers/dossier_6A61/bams/FS00505001_S6_chr_1_markdup.cram" }, … |
"patients" |
tableau de patients |
- |
oui |
[ { "patient": { "nom": "TOTO", "prenom": "TOTO", "sexe": "H" }, "atteint": true, "id_anon": "FS00505001", "lien": { "name": "Patient" } }, … |
"date" |
XXXXXXX |
timetamp |
oui |
1591795675219 |
block preindication
| "Clé" | valeur | type | obligatoire | Exemple |
|---|---|---|---|---|
"catname" |
YYYY |
identification du groupe du dossier |
oui |
"le-group" |
"name" |
YYYY |
identifiant du sous groupe du dossier |
oui |
"le-sous-group" |
"catkey |
réservé |
String |
oui |
"" |
"key" |
réservé |
String |
oui |
"" |
block patient
| "clé" | valeur | type | obligatoire | Exemple |
|---|---|---|---|---|
"patient" |
dictionnaire (nom,prenom,sexe) |
dictionnaire |
oui |
{ "nom": "TOTO", "prenom": "TOTO", "sexe": "H" } |
"atteint" |
patient atteint ou non |
booléen |
oui |
true |
"id_anon |
sample_id du patient dans le vcf |
String |
oui |
"FS00505001" |
"lien" |
(name) |
dictionnaire |
oui |
"name": "Patient" |