"Clé" valeur type obligatoire Exemple

"equipe"

Identifiant de l’équipe (le même que celui utilisé dans le fichier equipes.json)

String

oui

"001"

"gleaves_display"

Affiche/masque le dossier pour les utilisateurs

Boolean

oui

true

"date_vcf_uploaded"

date d’upload du fichier

timestamp

oui

1596622550227

"vcf"

path ou url s3 vers le vcf

String

oui

"/test_dossiers/dossier_6A61/A00666_0012_WGS_MR_FS00505001_21042022_final.vcf"

"preindication"

(voir block preindication)

-

oui

-

"cnv"

réservé

-

oui

null

"pid"

numéro unique du dossier

Integer

oui

123

"pid_crc"

identifiant du dossier

String

oui

"azerty"

"bam"

dictionnaire sample_id → dictionnaire(chrom→bai,bam)

-

oui

"FS00505001": { "1": { "bai": "/test_dossiers/dossier_6A61/bams/FS00505001_S6_chr_1_markdup.cram.bai", "bam": "/test_dossiers/dossier_6A61/bams/FS00505001_S6_chr_1_markdup.cram" }, …​

"patients"

tableau de patients

-

oui

[ { "patient": { "nom": "TOTO", "prenom": "TOTO", "sexe": "H" }, "atteint": true, "id_anon": "FS00505001", "lien": { "name": "Patient" } }, …​

"date"

XXXXXXX

timetamp

oui

1591795675219

block preindication

"Clé" valeur type obligatoire Exemple

"catname"

YYYY

identification du groupe du dossier

oui

"le-group"

"name"

YYYY

identifiant du sous groupe du dossier

oui

"le-sous-group"

"catkey

réservé

String

oui

""

"key"

réservé

String

oui

""

block patient

"clé" valeur type obligatoire Exemple

"patient"

dictionnaire (nom,prenom,sexe)

dictionnaire

oui

{ "nom": "TOTO", "prenom": "TOTO", "sexe": "H" }

"atteint"

patient atteint ou non

booléen

oui

true

"id_anon

sample_id du patient dans le vcf

String

oui

"FS00505001"

"lien"

(name)

dictionnaire

oui

"name": "Patient"