1.1 Mise à jour des configurations

1.1.1 Configuration du worker import dans settings_import.toml :

fusion_format_dir
Ajout de la clé fusion_format_dir dans la section [vcf_to_json] qui doit pointer vers un nouveau dossier dans datafiles/vcf_to_json nommé fusion_format et contenant un fichier star_fusion_annotator (cf https://gleaves.laboratoire-seqoia.fr/download/conf/workers/datafiles/vcf_to_json/)

prefix_fusion
Ajout de la clé prefix_fusion dans la section [vcf_to_json] : cette clé peut avoir comme valeur dossierfusion_ par exemple. La valeur doit être identique entre worker import, worker index et gLeaves (où elle s’appelle esFusionIndexPrefix).

[vcf_to_json]
prefix_fusion="$PathToDatafiles/vcf_to_json/fusion_format"
fusion_format_dir="dossierfusion_"
1.1.2 Configuration du worker index dans settings_index.toml

Ajout de la clé fusion_es_mapping_file dans la section [elasticsearch]

Le fichier doit être récupéré depuis https://gleaves.laboratoire-seqoia.fr/download/conf/workers/datafiles/json_to_es/ et placé à l’emplacement approprié.

[elasticsearch]
fusion_es_mapping_file="/etc/gleaves_worker/datafiles/json_to_es/fusion_es_mapping.json"

Ajout de la clé prefix_fusion dans la section [vcf_to_json] : cette clé peut avoir comme valeur dossierfusion_ par exemple. La valeur doit être identique entre worker import, worker index et gLeaves (où elle s’appelle esFusionIndexPrefix).

[vcf_to_json]
prefix_fusion="dossierfusion_"
1.1.3 Configuration de gLeaves :

Ajouter dans la section rabbitmq :

  typeMessageEnErreur: error
  typeMessageEnCoursDeTraitement: processing
  typeMessageEnAttente: waiting

Ajouter la section suivante :

exportToGenno:
  username: dummy
  password: dummy
  url: dummy

1.2 Chargement des nouvelles images

docker load < gleaves_3_6_28-1.tar.gz
docker load < gleaves_ad_0_1_20-3.tar.gz
docker load < gleaves_compute_rec_0_1_50-1.tar.gz
docker load < gleaves_worker_import_0_1_96-1.tar.gz
docker load < gleaves_worker_index_0_1_48-1.tar.gz